宋国南彭城百姓高阇、和尚昙标用妖妄言论相互煽动，与殿中将军苗允等人阴谋叛乱，立高阇为帝败露，连同高矇等人全部伏罪被诛，杀死了几十人。于是刘骏下诏淘汰所有和尚，设置各种禁令严厉执行犯禁的惩罚，若不是能够修行精苦，都让他们还俗。但许多尼姑出入皇宫，这条规矩却不能禁行。
中书令王僧达自幼聪明能写文章，但不拘小节。刘骏刚登基帝位时，把王僧达提拔为尚书仆射，地位在颜竣、刘延孙之上。王僧达自负才能和门第，认为在当时没人赶得上，几年间就可望担任宰相。
不久便降职为护军将军而怏怏不快，就有些不得志之感，多次上书要求调出朝廷。刘骏心里不高兴，由此逐渐降级，五年之中调动了七次，两次受到弹劾而消减官爵。王僧达对此非常怨恨，献上的奏章言辞和意旨都对刘骏表示褒贬，又爱好批评朝廷政治，刘骏都把愤怒积压在心里。
路太后哥哥的儿子曾去见王僧达，快步上前坐在王僧达的卧榻上，王僧达命人拿出去丢掉卧榻，路太后知道了大为愤怒，坚决要求刘骏下令杀死王僧达。正好遇上高闍反叛，刘骏于是诬陷王僧达与高闍通谋，把王僧达抓住交付廷尉赐他自杀。
这一日，朝廷立皇弟刘休祐为山阳王，立刘休范为顺阳王，立刘休若为巴陵王，立刘休茂为海陵王，立刘休业为鄱阳王，立皇子刘子尚为西阳王，把右卫将军何瑀的女儿封为太子刘子业的王妃。
何瑀是庐江郡灊县人，出生高门庐江何氏，曾祖为东晋尚书左仆射何澄，父亲何融为大司农。何瑀获刘义隆特别亲信礼遇，因此官历清通显贵，446-449年任侍中，最后为右卫将军卒官。他本人以豪奢闻名，常跟同为权势的富家子弟平昌人孟灵休、东海人何勖等相互比较车马骄奢的高下。
何瑀娶刘裕的豫章长公主刘欣男为妻，豫章公主先是嫁给南宋名臣、理学家徐乔，后来改嫁何瑀。豫章公主与何瑀情爱隆蜜，何家的外姻疏戚都沾恩带泽，但是豫章公主有时也会嫌何瑀相貌不够俊俏而发怒。生有一子一女，儿子何迈官至宁朔将军、南济阴太守。女儿何令婉是为太子妃。
太傅刘义恭因为南兖州刺史西阳王刘子尚受到刘骏的宠爱，打算避让刘子尚，就辞退扬州刺史的职务。刘骏于是解除了刘义恭的扬州刺史，进升官位为太宰，兼任司徒，而任命刘子尚为扬州刺史。当时荧惑守在斗宿，刘骏废掉扬州刺史的旧官府，让刘子尚把扬州刺史的官府移到东城以解除灾异，扬州刺史的别驾沈怀文说：“天道向人间显示灾难，应该用德行去应对灾变，现在虽然搬空了扬州府，恐怕也是不起作用。”
沈怀文字思明，吴兴武康人，年轻时喜欢玄理，擅长文章，曾写楚昭王二妃诗被世人称赞，在父亲故世服丧期满之后，被授予尚书殿中郎，被隐士雷次宗征召居住在钟山，后来南回庐山。何尚之设宴送别，善写文章的士人都聚集在一起作连句诗，沈怀文所写的诗句特别优美，文辞高于在座所有人。后来因为公事失误，按例应该免职，同僚都丢了官，沈怀文竟单独留任。
随王刘诞镇守襄阳，邀沈怀文出任后军主簿，与咨议参军谢庄共同掌管文书辞令，兼任义成太守。元嘉二十八年，刘诞将任广州刺史，想要选沈怀文任安南府记室，在此之前，沈怀文已被朝廷任命为通直郎，所以沈怀文坚决拒绝了南行朝廷，刘骏因此很不高兴。
沈怀文的弟弟沈怀远纳了东阳公主的养女王鹦鹉为妾，刘劭暗中做巫蛊之事，王鹦鹉参与其中。事情泄露后，沈怀文因此而不能升迁，只担任了治书侍御史。当时荧惑星干犯南斗，刘骏于是废弃西州原先的官署，命刘子尚把官署移往东城来避开邪气，沈怀文进言刘骏没有听从，而西州官署最终还是废止了。
刘骏本想打算把青、冀二州的州治都移到历城，朝廷议论这事的大臣多不同意，青、冀二州刺史垣护之说：“青州北面有黄河、济水，又有很多湖泊沼泽，不是敌人进攻的方向。敌人每次来侵犯抢掠，必须是经过历城，二州都镇守历城，这是经营长远的战略。北面又接近黄河，敌国人民向我方归顺也很方便，短期内可平息百姓的祸患，意图长远又可发挥帝国威风，这是安定边境的上好计策。”
由此便确定了以历城为青、冀二州的镇守之地。于是把司空、南徐州刺史、竟陵王刘诞改任为南兖州刺史，任命太子詹事刘延孙为南徐州刺史。当初宋武帝刘裕遗诏，因为京口为军事要地，又离建康很近，如果不是宗室或皇室近亲，不能担任京口的行政长官。
刘延孙的祖先尽管与刘裕是同一源头，但刘裕是彭城刘姓，刘延孙却是莒县的刘姓，从来没有攀上亲缘关系。刘骏既然任命刘延孙镇守京口，又下诏同刘延孙合为一个宗族，命各王都与刘延孙讲论长幼辈份。
那时刘骏对闺房女子十分荒诞无礼，且不论亲疏关系和尊卑身份都要奸淫，丑闻流传人间人人皆知。独竟陵王刘诞为人宽厚而彬彬有礼，又在诛杀太子刘劭、丞相刘义宣的战事中都建立有大功，人心都暗地倾向他。
刘诞聚集很多有才能有勇力的人，蓄养精壮兵士，刘骏因此害怕刘诞，就不想刘诞再位居朝中，而派他出镇京口。但仍然嫌他靠得建康太近，所以又把他迁徙到了广陵任南兖州刺史。刘骏认为刘延孙是心腹大臣，所以就让他来镇守京口，担任南徐州刺史，用来防范刘诞。
刘骏不想权力掌握在大臣手中，就把吏部尚书分为两位，用都官尚书谢庄、度支尚书吴郡人顾觊之担任，又撤掉五兵部尚书的官职。当初，晋代散骑常侍这个官职，在皇帝的选拔和社会的人望方面都非常重要，几乎是与侍中的地位相等。其后散骑常侍的职任成为闲散的官职，所任用的人物逐渐轻微。
刘骏想重新加重散骑常侍的人选数量，于是选用当时的名士临海太守孔觊、司徒长史王彧为散骑常侍，侍中蔡兴宗对人说：“吏部的职位非常重要，常侍的官职是闲散之职，只从名份上更改它而不是从实际上改变它。虽然皇帝想改变它们的轻重份量，但是人心难道可以改变吗？”
之后，常侍的职位又变得低微了，而吏部的贵重不同往日。孔觊是孔琳之的孙子，王彧是王谧哥哥的孙子，蔡兴宗是济阳郡考城县人，蔡廓的儿子。蔡兴宗年纪尚幼时，就得父亲蔡廓看重，认为有自己的风范，故以兴宗为名及字。
蔡兴宗十岁丧父，表现出的伤心亦不像平常的小孩那样。昔日蔡廓离任豫章太守后建了两座屋宅，东宅先建好，就给了哥哥蔡轨，另一宅却到蔡廓去世还未建成。蔡轨自长沙回来，就给蔡兴宗一家五十万钱补偿屋宅的价值，蔡兴宗却对母亲说：“一家人一直丰俭与共，今天这些钱不该收呀！”
蔡兴宗年少好学，以学问及品德见称。初任彭城王刘义康的司徒参军，迁太子舍人、南平王冠军参军、武昌太守、太子洗马、义阳王友、中书侍郎等职。时中书令建平王刘宏及侍中王僧绰都与蔡兴宗亲厚交好，太子刘劭弑父篡位后，因发现王僧绰参与文帝刘义隆非太子的谋划而将之诛杀。当时王僧绰的亲好故友都怯于刘劭之威，不敢前去丧礼，只有蔡兴宗前去，刘劭因此让其担任司空何尚之的长史和太子中庶子。
古人评论说：“选择人才任命官职的困难，先代帝王早已说过，已经很久远了。按照周代礼制，提拔人才从学校开始，根据州郡乡里的评论报告六卿长官，而后推荐给天子。在汉代则由州郡累积人物的功劳才能，由王府推举为下级官吏，三公评论其工作的得失，尚书再把他们的情形奏报给天子。一个人的情况，评论监督的人很多，所以能够使官职得到相应的人才，很少有败坏任职工作的。魏晋两代改变这种制度，造成非常多的失误，对那些面貌忠厚，内心深沉，像出壑一样阴险的人，仔细观察他们的言行，还怕有不周到之处。何况现在人物的人品千差万别，匆忙地由一面之交就做出了决定，各种官僚职位不同，只有一个部门专门裁断，于是使得钻营奔竞的风气大肆流行，不可抑止。人们都追求升官务求到手，兼加谄媚行贿，不再有讲廉耻的风气和谨慎忠厚的节操，使得官员奸邪，国家败坏，不能加以整顿纠正。假使今天让龙来作礼部尚书，让舜来当皇帝，而要使国家得以治理，也不能必定做到，何况后代任命官职的人呢？刘骏虽然把礼部尚书分为两人管理，但还是不会返回到周、汉时期的良好状况，这种朝三暮四的改变，真的有好作用吗？”
刘骏还在江州时，山阴人戴法兴、戴明宝、蔡闲担任典签，到刘骏即位之后，此三人都被任命为御史台侍御史书省通事舍人。同一年三位典签都因当初举兵时参预密谋，赐给县男的爵位，这时蔡闲已死追加赐爵。
当初刘骏亲自处理朝廷政务不交给大臣，而心腹耳目之人又不能不加以委任，戴法兴颇为熟悉古今史事，一向受到刘骏的亲近宠信。鲁郡人巢尚之是出身低微的士人，广览文史书籍，得到刘骏的了解，也任命为中书通事舍人，凡是选派调迁诛罚赏赐的重大决定，刘骏都和戴法兴、巢尚之一同商量决定，朝廷内外的杂事则多委托给戴明宝处理。
戴法兴、巢尚之、戴明宝三人权势在当时最重，而戴法兴、戴明宝大肆接受贿赂，凡是他俩向刘骏推荐的人选，只要说了就没有不同意的，于是天下的人都集中到两人的门下，家门之外就如市场一样，家财都积蓄了千金。
独礼部尚书顾觊之一人不向戴法兴等人低头攀附，蔡兴宗与顾觊之关系友善，嫌顾觊之的风节过分峻直，顾觊之说：“辛毗说过这样一句话：孙资、刘放不过让我不当三公罢了。”
顾觊之时常认为：“一个人禀受的命运有一定的天数，不是人的智力可改变的，人只应该严格自己的言行遵守道义，而愚昧的人不明白这个道理，妄图侥幸获福，只会白白损害正道，对个人得失并没有什么帮助。”